原位雜交結合免疫組織化學技術主要用于在同一細胞 內同時或先后檢測特定基因在核酸和蛋白質或多肽水平的表達，這樣。不僅能了解基因表達，而且還能研究某種基因表達的翻譯和轉錄調節。如果免疫組織化學檢測的抗原成分是與原位雜交的靶核酸不同基因編碼的蛋白質或多肽等，那么同時使用原位雜交和免疫組織化學技術可研究一種基因的轉錄與另一種基因編碼的蛋白質合成之間的相互關系。在病毒學研究中，將原位雜交與免疫組織化學相結合．可在細胞水平上同時研究病毒基因及其表達產物。即病毒抗原的分布。如果將檢測病毒基因的原位雜交與檢測細胞類型特異性抗原的免疫組織化學相結合，則可鑒別受染細胞的類型，尤其對在含多種細胞類型的組織(如神經組織)中確定受染細胞的類型更有幫助。總之，原位雜交和免疫組織化學結合的雙標記技術在深入研究基因表達的調控以及病毒性疾病的發病機制等方面具有廣闊的應用前景。

    原位雜交結合免疫組織化學技術可以分別在相鄰的連續切片上進行。只要在相鄰切片上能得到同一細胞的連續切面。對照觀察相鄰切片上同一細胞切面原位雜交和免疫組織化學結果，就可以判斷在同一細胞內是否存在特定的靶核酸DNA或RNA和由該基因或另一種基因編碼的蛋白質或多肽。

    原位雜交結合免疫組織化學技術更多的是在同一細胞標本或組織切片上進行，這樣可避免因相鄰切片法觀察時不易找到同一細胞的切面而產生的空間誤差和樣本誤差。但采用同一切片的雙標記技術時。*次標記染色過程總要或多或少地影響第二次標記染色的結果，使第二次染色結果不很理想。

    在同一細胞和切片標本上進行原位雜交和免疫組織化學雙標記時．可以先用原位雜交檢測核酸，也可以先用免疫組織化學檢測蛋白質．不同的檢測程序各有其優缺點。